A Estrutura Deliberativa da FAPERJ é formada pela Diretoria – Presidente, Diretor Científico, Diretor de Tecnologia e Diretor de Administração e Finanças; Conselho Superior; e Conselho Fiscal.
Presidente da FAPERJ: Caroline Alves da Costa
Nomeada pelo Governador do Estado, mediante proposta do Secretário de Ciência, Tecnologia e Inovação, designado para exercício da presidência da Faperj.
Presidente do Conselho Superior : Elizabeth Fernandes de Macedo
Diretora de Administração e Finanças: Luciana Lopes Costa
Nomeada pelo Governador do Estado, mediante proposta do Presidente da FAPERJ e encaminhada por meio da Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação, incumbindo-lhe exercer as funções administrativas e financeiras da Fundação.
Diretora Científica: Eliete Bouskela
Nomeada pelo Governador do Estado para um mandato de três anos dentre os componentes de uma lista tríplice elaborada pelo Conselho Superior, encaminhada através da Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Inovação.
Diretora de Tecnologia: Elaine Cristina de Oliveira Souza
Nomeada pelo Governador do Estado para um mandato de três anos dentre os componentes de uma lista tríplice elaborada pelo Conselho Superior, encaminhada através da Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Inovação.
Secretário de Ciência, Tecnologia e Inovação (SECTI): Antonio Claudio Lucas da Nóbrega
Nomeado pelo governador interino para exercer o cargo de Secretário de Estado da Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação, publicado no Diário Oficial no dia 16 de setembro de 2026.