A Estrutura Deliberativa da FAPERJ é formada pela Diretoria – Presidente, Diretor Científico, Diretor de Tecnologia e Diretor de Administração e Finanças; Conselho Superior; e Conselho Fiscal.
Presidente da FAPERJ: Caroline Alves da Costa
Nomeada pelo Governador do Estado, mediante proposta do Secretário de Ciência, Tecnologia e Inovação, designado para exercício da presidência da Faperj.
Presidente do Conselho Superior : Alice Ribeiro Casimiro Lopes
Função/Cargo: Professor Titular
Instituição: UERJ
Representação: Universidades Estaduais
Suplente:
Diretora de Administração e Finanças: Maria Claudia Ferreira de Souza
Nomeada pelo Governador do Estado, mediante proposta do Presidente da FAPERJ e encaminhada por meio da Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Inovação, incumbindo-lhe exercer as funções administrativas e financeiras da Fundação.
Diretora Científica: Eliete Bouskela
Nomeada pelo Governador do Estado para um mandato de três anos dentre os componentes de uma lista tríplice elaborada pelo Conselho Superior, encaminhada através da Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Inovação.
Diretor de Tecnologia: Mauro Azevedo Neto
Nomeado pelo Governador do Estado para um mandato de três anos dentre os componentes de uma lista tríplice elaborada pelo Conselho Superior, encaminhada através da Secretaria de Estado da Ciência, Tecnologia e Inovação.